おはようございます。
とりあえずこうしたら直りました。
{php-install-dir}\PEAR\phpDocumentor\data\templates\abstract\css\template.css
に以下を追加して、ドキュメントを再生成します。
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td#db-header,
td#db-menu,
td#db-footer {
height:1em;
}
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ちなみにie8はsvgのレンダリングをサポートしていないようなので、
クラス図を表示することはできません。
ではまた。